在大肠杆菌表达系统中，我们通常会建议去掉信号肽，主要从以下几个方面来分析：

1.信号肽的作用与特性 

信号肽是引导新合成的蛋白质向分泌通路转移的短肽链，由5~30个氨基酸组成。它的主要作用是促进蛋白折叠成特定空间结构，并决定蛋白最终被定位到特定的亚细胞区域。然而，在大多数大肠杆菌胞内表达的情况下，信号肽的功能基本丧失。 

2.信号肽对大肠杆菌表达系统的影响 

疏水性导致包涵体形成：信号肽的疏水性可能会造成蛋白在大肠杆菌内表达成不可溶状态，从而增加形成包涵体的概率。包涵体的形成不仅影响蛋白的纯化和下游工作，还可能降低蛋白的活性。 

大肠杆菌处理能力不足：大肠杆菌通常不具备处理真核来源信号肽的能力，因此去除信号肽有助于避免潜在的表达问题。

3.去除信号肽的益处 

提高蛋白可溶性：去除信号肽后，可以降低蛋白在大肠杆菌内形成包涵体的概率，从而提高蛋白的可溶性表达。 

简化纯化流程：可溶性蛋白更容易通过常规的纯化方法进行分离和纯化，从而降低生产成本。 

提高蛋白活性：可溶性蛋白通常具有更高的活性，因为它们能够正确折叠并发挥预期的生物学功能。  

综上所述，在大肠杆菌表达系统中去掉信号肽通常是一个明智的选择，这有助于提高蛋白的可溶性表达、简化纯化流程并提高蛋白活性。当然，在具体操作时还需要根据蛋白的性质、表达条件以及下游应用需求进行综合考虑。