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天然抗菌肽一般是由30多个氨基酸残基所组成的碱性小分子活性肽，水溶性好，分子量约为4000道尔顿左右。绝大部分抗菌肽具备有热稳定性，在l00℃下加热10～15min仍然能够保持其活性。多数抗菌肽的等电点大于7，表现出了比较强的阳离子特征。同时，抗菌肽对比较大的离子强度和比较高或相对较低的pH值均具有较强的抗性。除此之外，部分抗菌肽尚具有抵抗胰蛋白酶或胃蛋白酶水解能力。
抗菌肽功能从目前的研究分析结果来看，一般来说抗菌肽杀菌机理通常是作用于细菌的细胞膜，破坏其完整性从而产生穿孔现象，造成细胞内容物外溢胞外而死亡。先由静电吸引而附于细菌膜表面，疏水性的C端插入膜内疏水区并改变膜的构象，多个抗菌肽在膜上形成离子通道而导致某些离子的逸出而死亡。亦有学者认为抗菌肽作用于膜蛋白引起凝聚、失活及离子通道，引起膜渗透性改变而导致死亡，亦有学者提出抗菌肽是否存在特异性的膜受休及有无其它因子的协同作用等问题。不同类别的抗菌肽的作用机理可能不一样。
抗菌肽多数具备有强碱性、热稳定性以及广谱抗菌等特点。某些抗菌肽对部分真菌、原虫、病毒及癌细胞等均具有强有力的杀伤作用。
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